Layanan rehabilitas medis RS Siti Khodijah Pekalongan adalah layanan penunjang yang disediakan RS Siti Khodijah Pekalongan kepada pasien dengan gangguan fungsi dalam beraktivitas (fungsi fisik, psikis, sosial dan kekaryaan) yang disebabkan oleh berbagai macam penyakit. Adapun layanan rehabilitasi medis yang tersedia di RS Siti Khodijah Pekalongan adalah fisioterapi dan okupasi terapi.