Layanan CSSU RS Siti Khodijah Pekalongan adalah layanan yang berfungsi untuk menerima, membersihkan, mendesinfeksi, mengemas, mensteril, menyimpan dan mendistribusikan alat-alat (baik yang dapat dipakai berulang kali dan alat sekali pakai), sesuai dengan standar prosedur. Layanan ini sebagai salah satu upaya dalam pengendalian infeksi di rumah sakit dan salah satu mata rantai yang penting untuk Perencanaan dan Pengendalian Infeksi (PPI).