Pemeliharaan sarana prasarana RS Siti Khodijah Pekalongan dilakukan secara berkala guna menunjang pelaksanaan pelayanan di rumah sakit. RS Siti Khodijah Pekalongan juga bekerja sama dengan pihak ketiga guna memberikan pelayanan yang unggul bagi pasien ataupun pengunjung rumah sakit.